南京工业大学于2001年5月由南京化工大学和南京建筑工程学院合并组建而成。南京化工大学的前身可追溯到1902年建立的三江师范学堂。历经三江师范学堂、两江师范学堂、南京高等师范专科学校、国立东南大学、国立中央大学和南京工学院等历史时期，1958年从南京工学院迁出建立南京化工学院，1995年4月更名为南京化工大学。南京建筑工程学院的前身是创建于1915年的同济医工学堂机师科。1933年更名为同济高级职业学校，1950年更名为南京建筑工程学校，1980年5月升格为南京建筑工程学院。
新组建的南京工业大学，拥有2个博士后科研流动站，2个一级学科博士学位授予点，19个二级学科博士学位授予点，38个硕士学位授予点及工程硕士授予领域，近60个本科专业，跨工、理、管、经、文、法、哲7个学科门类，具有留学 生招生资格和教授审定权。目前，在校留学生、博士生、硕士生、本科生、专科生等各类学生人数近23000多人，其中研究生1600多人。现有教职工2300多人，专任教师近千人，具有教授、副教授等高级职称的教师近500人。其中中国科学院院士和中国工程院院士共3人，国务院学位委员会学科评议组成员1人，教育部《长江学者奖励计划》特聘教授1人，国家有突出贡献的中青年专家6人，博士生导师50人，还特聘了20多位国际著名学者为兼职教授或荣誉教授。现有19个学院，7个校区，校园占地面积3700亩，图书馆藏书150余万册。
学校具有雄厚的科研实力，拥有国家级工程研究中心1个，国家技术推广中心1个，部级工程研究中心6个，省部级重点学科、重点实验室12个，并拥有国家建筑工程设计甲级资质、国家建筑工程勘察乙级资质和国家建设工程监理甲级资质。