我国自古以来有个传统，地方官上任前必先谒孔庙而后莅政，所以在每个大城市，孔庙都是不可或缺的建设之一，而台南孔庙，是全台湾最早建立的一座文庙。郑成功复台初期，由于军务倥偬，无暇顾及文教建设。直到明永历十九年，辅政的郑成功旧部－－陈永华，眼见在台的各项措施已渐次就绪，为了提倡文教事业，便奏请当时在位的郑经兴建「先师圣庙」，经过二次上奏，才终于打动郑经，决定采纳陈永华的建议，为本省的儒学发展奠定了基础。清康熙二十三年，朝廷将「台湾府学」设立于此。
此后，到台湾割日的二百余年间，台南孔庙共历经三十多次的修建，直到清末建省前，「台湾府学」一直是台湾士子心目中的最高学府，文教地位无与伦比，因而博得「全台首学」之名。