明清两朝定都北京，维系帝国统治的经济命脉却极为脆弱。自唐中晚期，经济重心南移之后，国家的财赋收入就要通过历代开凿疏通的大运河运到京城。

由于北方自然条件变化以及经济衰落，清朝每年从山东、河南、安徽、江苏、浙江、江西、湖北、湖南八省征收超过400万石粮食，供给北京。这些粮食用于支付官员俸禄、兵丁粮饷，还要保证平抑京师的粮价，赈济灾民，维持稳定。

人工开凿的运河虽然是伟大工程，但是随着时间的推移，自然力让它变得越发脆弱。

据《清史稿·河渠志》记载，整个清朝，运河与黄、淮连接的淮安清口一带，为维持通航，耗费的人力财力，并使人民遭受水灾之频繁，“未有甚于此者”。

运河虽然保证了几代王朝的安稳，但是也带来巨大的损耗。

为了维持运河，政府不得不牺牲沿岸的水利，甚至加重天灾。多雨之时，本应蓄水防洪，但漕运官员恐怕损坏运河坝，反令放水淹没民宅民田；干旱之时，本应放水救济农田，而漕运官员为保证运河水量，反倒节流蓄水，“涓滴不容灌溉”。于是数百年间，黄淮之间的居民和农业备受折磨，经济民生大受阻滞。在道光六年那场水灾中，为保护运河河堤，两江总督琦善命令将水坝全部开启，淹没下游良田。据当时官员记载，下游大片地区“田亩房舍，均归巨浸……田间水深五六尺，至一丈不等，庐、墓尽在水中。”灾民扶老携幼，避居高处，露天而居，饥寒交迫。

对河上的水手来说，运河也是一道鬼门关。由于地势起伏，运河上实际险情重重。据道光年间的记载，黄淮交汇处的天妃闸，每当漕船经过时，每艘船就要上千人以人力拖曳，遇到涨水之时，“飞瀑怒涛，惊魂夺魄，下水放闸之船，疾如飞鸟，若坠深渊，浮沉难定，一入迥溜，人船两伤。”仅在康熙年间，每年就有一百多艘船在运河中倾覆损毁，上千人遇难。